La historia de la Hermandad de San Pedro está ligada a la historia de las Escuelas Pías de Gandía. El carisma calasancio está presente en sus miembros y en los actos a los que acuden. Alumnos y exalumnos han desfilado y desfilan en la Semana Santa de Gandía, declarada de Interés Turístico.
Los orígenes exactos de la hermandad se encuentran en algún momento del siglo XIX.
Hacia 1870, con la Restauración monárquica, las cofradías resurgen: unas estaban en una situación de práctica desaparición y otras habían desaparecido en la época de la ilustración y el liberalismo. Contemporáneas prácticamente en el tiempo son la Hermandad del S
anto Sepulcro (1873), Jesús Nazareno (1873) y Ecce Homo y Dolorosa , fundadas entre 1873 y 1880.
En 1872 es cuando se organiza la Hermandad de San Pedro gracias a la labor del sacerdote escolapio P. José Gomar Miralles, nacido en 1831 en Gandía. Organizó la cofradía con alumnos del colegio, principalmente estudiantes de bachillerato. Años más tarde, y compuesta por exalumnos, creó la Hermandad de la Santa Cruz. La imagen de San Pedro fue encargada al escultor de Albaida pero con taller en Valencia Modesto Pastor i Julià. La imagen estaba situada en la actual capilla del sacramento.
Durante la Cuaresma se celebraban los actos religiosos, el Vía Crucis y la Predicación. Para la organización de la procesión del Santo Entierro del Viernes Santo se seguía el siguiente patrón: el Director espiritual presidía con la Junta de la Hermandad; todos los alumnos formaban parte de ella, con cuatro jóvenes con capuchón y vesta de color morado que ordenaban las filas de los más pequeños, provistos para ello de una pértiga adornada. La cofradía desfiló de este modo hasta los albores de la Guerra Civil, perdiéndose sus archivos y la imagen de San Pedro.
En 1957, otro sacerdote escolapio, el P. José Mª Blay, en un artículo publicado por la revista Passio, lanzaba un aviso sobre la necesidad de restaurar la Hermandad de San Pedro. Los alumnos del colegio del curso 56/57 recogieron la llamada del P. Blay. Se formó un junta provisional formada por los alumnos, se redactó un reglamento, se señaló una cuota mensual y se realizaron rifas y loterías hasta lograr reunir el dinero suficiente. En 1960, el presidente de la Hermandad, D. José Lloret Tarrasó, y el secretario, D. Salvador Boix Pérez, solicitaban y recibían del Exmo. Rmo. Sr. Arzobispo de Valencia la aprobación para reorganizar y restaurar la Hermandad de San Pedro y sus estatutos.El 6 de marzo, en Asamblea General, se nombró como consiliario al P. Blay y se formó la Junta de Gobierno de la cofradía, con D. José Lloret Tarrasó como presidente, D. Salvador Escrivá Moscardó como vicepresidente y D. Salvador Boix Pérez como secretario. Cada curso mantenía un vocal en dicha Junta. Un total de 56 cofrades y varios socios protectores formaron parte de la reconstruida hermandad. La imagen de San Pedro fue esculpida por Rafael Grafiá Jornet.
Como Camarera-Madrina se nombró a la Excma. Sta Ángela Mª De Solís y Téllez Girón, Duquesa de Arcos y Marquesa de Peñafiel, hija de la Excma. Duquesa de Gandía. La tarde del miércoles 13 de abril, y desde Sevilla pasando por Valencia, llegó la Camarera a Gandía.
Entre 1967 y 1990 la hermandad se dedicó a mejorar lo que ya tenía. Los báculos fueron modificados tres veces hasta llegar al actual, realizando uno más pequeño para los niños.
En 1979 la Junta General aprueba que la Camarera sea nombrada cada dos años, con la única condición que para ello está vinculada a la hermandad. Las mujeres también se incorporan como cofrades.
En 1993 se realizaron las insignias, con la Tiara Papal y las Llaves entrelazadas, que se imponen a los nuevos cofrades en la ceremonia de bienvenida, celebrada el Sábado de Dolor. El estandarte, diseñado por Dña. Mª Dolores Pastor Escrivá, se bendijo al año siguiente y desde entonces preside los desfiles y actos en los que participa la cofradía.
El 125 aniversario, celebrado en 1996, estuvo marcado por la serie de conferencias que realizaron especialistas en la materia, todas ellas con un carácter actual, social y comprometido. Sida y juventud, Psicología evolutiva y diferencial de los jóvenes, Alcohol y juventud y Drogas y juventud, fueron los temas que se trataron. También se publicó el libro del 125 aniversario de la Hermandad de San Pedro y se iniciaron las charlas sobre el nuevo catecismo. Las Camareras que ha tenido la Hermandad fueron invitadas a la procesión del Santo Entierro de ese año. Una misa conmemorativa en la iglesia del colegio, con plena asistencia de las autoridades religiosas y políticas, y un posterior vino de honor pusieron el punto final a los actos.
En 1998 D. Salvador Boix abandona la presidencia, ocupando el cargo D. Andrés Sanchis tras la aprobación de la Asamblea General, resultando nuevamente elegido en las elecciones de 2002.